W doniesieniach medialnych na temat koronawirusa pojawiają się pojęcia takie jak wariant, mutacja i szczep. Często są one mylone ze sobą, a przecież oznaczają kompletnie różne rzeczy.
Wariant to forma wirusa z określony szereg mutacji. Mutacja to przypadkowa zmiana w kodzie RNA wirusa, powstająca podczas jego powielania. Zarówno mutacje, jak i warianty je zawierające, są gromadzone i opisywane w bazie danych platformy GISAID, która promuje szybką wymianę danych dotyczących wszystkich wirusów grypy oraz koronawirusa wywołującego COVID-19. Informacje te obejmują sekwencję genetyczną oraz powiązane dane kliniczne i epidemiologiczne dotyczące ludzkich wirusów, a także dane geograficzne oraz specyficzne dla danego gatunku, związane z wirusami ptasimi i innymi zwierzęcymi. Dane te pomagają badaczom zrozumieć, w jaki sposób wirusy ewoluują i rozprzestrzeniają się podczas epidemii i pandemii.
Liczba rozmaitych wariantów jest duża. Są one oznaczane akronimami (na przykład wariant brytyjski ma oznaczenie B.1.1.7, a najnowszy południowoafrykański B.1.1.529). Mutacje i warianty są identyfikowane przez sekwencjonowanie całego genomu wirusa w próbkach wymazów i porównywane z tymi, które już znajdują się w bazach danych.
Wirusy mogą mutować wtedy, gdy się namnażają, a namnażać mogą się tylko korzystając z maszynerii komórek zakażonych organizmów. Nowe warianty przestaną powstawać, jeśli wirusy nie będą się miały gdzie rozmnażać.
Szczep to formy danego wirusa, należące do tego samego gatunku, które mają pewne unikalne cechy fenotypowe (właściwości antygenowe, spektrum żywicieli lub objawy wywoływanej choroby). Pozostają one stabilne w warunkach naturalnych. Warianty wirusa z prostymi zmianami w materiale genetycznym nie są rozróżniane jako odrębne szczepy. SARS-CoV-2 to jeden z dwóch szczepów gatunku betakoronawirusa, drugim szczepem tego gatunku jest wirus SARS-CoV, który wywoływał chorobę SARS w latach 2002–2004 r. Zgodnie z badaniami molekularnymi wiadomo, że SARS-CoV-2 nie pochodzi od SARS-CoV – oba wirusy wywodzą się jednak od wspólnego przodka.
